پيشگويي جهش‌هاي پايداركننده بالقوه پروتئين اينترفرون بتا a1 (سينووكس) به‌وسيله شبيه‌سازي ديناميك مولكولي

داروي ايراني سينووكس (اينترفرون بتا) يك داروي مهم در جلوگيري از پيشرفت بيماري‌ام. اس است و افزايش پايداري آن اهميت زيادي دارد. در اين تحقيق با طراحي پنج جهش براي اين پروتئين و انجام شبيه‌سازي ديناميك مولكولي و داكينگ پايداركننده‌ترين جهش، مشخص شد. براي انجام اين كار در ابتدا ساختار طبيعي اينترفرون بتا به درگاه اينترنتي پاپ ميوزيك داده شد تا جهش‌هاي پايداركننده پيشگويي شوند. سپس مدل چهار جهش مناسب‌تر پيشگويي شده توسط اين سرور و يك جهش تركيبي (جهش تركيبي 2 و 3 يا جهش 5) از اين پروتئين تهيه شد. سپس مدل هركدام از اين جهش‌ها و ساختار طبيعي به‌طور جداگانه در دماهاي 300 و 350 و 400 و 450 و 500 كلوين به مدت 20 نانوثانيه به‌وسيله برنامه گرومكس 5 شبيه‌سازي ديناميك مولكولي شدند. (درمجموع 600 نانوثانيه). سپس پارامترهاي ساختاري براي هركدام از اين ساختارها در هر دما در 10 نانوثانيه آخر شبيه‌سازي‌ها محاسبه شد و نمودار دما در برابر ميانگين پارامترها رسم شدند و شيب تغييرات ساختاري در اثر افزايش دما براي همه جهش‌ها و ساختار طبيعي به دست آمد تا ساختارهاي پايدارتر مشخص شوند. نتايج به‌دست‌آمده نشان داد كه جهش شماره سه (G127E) در بين پنج جهش پايداري بيشتري در مقايسه با ساختار اينترفرون طبيعي دارد. بعلاوه قدرت اتصال جهش شماره سه به گيرنده اينترفرون نسبت به حالت وحشي و ساير جهش‌ها بيشتر بود. به نظر مي‌رسد كه افزايش هيدروفيليستي اطراف باقي‌مانده 127 در جهش 3 در سطح پروتئين منجر به افزايش حلاليت و پايداري بيشتر آن در خارج از بدن شده است.