رديابي و تجزيه و تحليل ژنوم كامل ويروس بدشكلي برگ انگور (Grapevine deformation virus) از تاكستان‌هاي استان خراسان رضوي

نپوويروس‌ها عامل زوال عفوني مو در سراسر دنيا هستند. ويروس بدشكلي برگ انگور (Grapevine deformation virus-GDefV) با نام جديد Nepovirus deformationis به زيرگروه A جنس نپوويروس تعلق دارد. علائم GDefV به‌صورت بدشكلي برگ انگور، كوتولگي و زوال درختچه است. GDefV در اغلب موارد در آلودگي مخلوط با ويروس برگ بادبزني مو مشاهده مي شود. براي شناسايي و تعيين توالي ژنوم كامل GDefV سه نمونه‌ انگور با علائم رشد كپه اي و زوال در بهار سال ۱۳۹۸ از شهرستان كاشمر در استان خراسان رضوي در شمال‌شرق ايران جمع‌آوري شدند. پس از استخراج RNA از دمبرگ برگ‌هاي جوان مو، شناسايي اوليه GDefV در واكنش زنجيره‌اي پليمراز انجام شد. سپس كتابخانه‌هايي از RNA هاي كوچك از سه تاك مورد بررسي تهيه و در پلت فرم ايلومينا تعيين توالي شدند. پس از پالايش خوانش‌ها، 15 ميليون خوانش باكيفيت مناسب براي آناليزهاي پايين‌دست باقي ماندند. كه از آن ها، ژنوم سه جدايه ايراني GDefV به طول 7386 و 3753 نوكلئوتيد بازسازي شد. مقايسه ترادف اين جدايه ها با توالي‌هاي GDefV موجود در GenBank بيانگر شباهت 3/94-6/87 درصدي در سطح نوكلئوتيدي و 5/90-8/88 درصد در سطح آمينواسيدي بود. در درخت‌هاي فيلوژنتيك ترسيم‌شده، جدايه‌هاي شمال شرق ايران در شاخه‌اي مجزا از ساير جدايه‌هاي GDefV قرار گرفتند. مقاله حاضر اولين گزارش از تحليل ژنوم و تبارزايي جدايه‌هاي GDefV از تاكستان‌هاي ايران را ارائه مي‌دهد.