تنوع ژنتيكي جمعيت‌هاي مختلف Thymus kotschyanus توسط نشانگرهاي RAPD

Genetic diversity of different accessions of Thymus kotschyanus using RAPD marker

آنالیز تنوع ژنتیكی برای فهم فرآیند تكامل و استفاده های به‌نژادی حایز اهمیت فراوان است. پیشرفت‌های اخیر در كاربرد واكنش زنجیره‌ای پلیمراز امكان بررسی افراد یك جمعیت را در تعداد مكان‌های ژنی بیشتری از ژنوم فراهم ساخته است و از نشانگر RAPD به طور موفقیت‌آمیزی در مطالعات مختلف تنوع ژنتیكی و تاكسونومیك استفاده شده است. تنوع ژنتیكی 18 توده Thymus kotschyanus جمع‌آوری شده از مناطق مختلف ایران كه در پژوهش حاضر گزارش شده است، توسط 30 آغازگر DNA چندشكل تكثیر شده تصادفی بررسی شد. تحلیل‌های چندمتغیره شامل تجزیه مؤلفه‌های اصلی و تجزیه خوشه‌ای با استفاده از داده‌های حاصل به منظور گروه‌بندی توده‌ها انجام گرفت. در كل، 385 باند قابل امتیازدهی از 29 آغازگر به دست آمد كه در نتیجه میانگین باند تولیدی توسط هر آغازگر معادل 27/13 بود. همچنین از كل باندهای قابل امتیازدهی، تعداد 298 باند (معادل 40/77 درصد) چند شكلی نشان دادند. دندوگرام بر اساس روش خوشه‌بندی UPGMA ترسیم گردید و چهار گروه اصلی به دست آمد. نتایج به دست آمده از گروه‌بندی با دو روش تجزیه مؤلفه‌های اصلی و تجزیه خوشه‌ای نشان داد كه در بیشتر موارد گروه‌بندی ارایه شده توسط دو روش مزبور با یكدیگر هماهنگ بوده، گروه‌بندی یكسانی بین توده‌ها ایجاد كرده‌اند. مطالعه حاضر تنوع ژنتیكی زیادی را در میان توده‌های مطالعه شده نشان داد. نتایج نشان داد كه نشانگر RAPD برای مطالعات تنوع ژنتیكی در T. kotschyanus مفید است، همچنین این نشانگر توانست تفاوت‌های جغرافیایی را نیز نمایان سازد.

Analysis of genetic diversity is a major step for understanding evolution and breeding applications. Recent advances in the application of the polymerase chain reaction make it possible to score individuals at a large number of loci. The RAPD technique has been successfully used in a variety of taxonomic and genetic diversity studies. The genetic diversity of 18 accessions of Thymus kotschyanus collected from different districts of Iran has been reported in this study, using 30 random amplified polymorphic DNA primers. Multivariate statistical analyses including principal coordinate analysis (PCOA) and cluster analysis were used to group the accessions. From 29 primers, 385 bands were scored corresponding to an average of 13.27 bands per primer with 298 bands showing polymorphism (77.40%). A dendrogram constructed based on the UPGMA clustering method revealed three major clusters. The obtained results from grouping 18 accessions of T. kotschyanus with two studied methods indicated that in the most cases the applied methods produced similar grouping results. This study revealed nearly rich genetic diversity among T. kotschyanus accessions from different regions of Iran. The results showed RAPD marker was a useful marker for genetic diversity studies of T. kotschyanus and it was indicative of geographica variations.