بررسي تنوع ژنتيكي ژنوتيپ هاي پوشينه دار و بدون پوشينه جو ديم با استفاده از نشانگر مولكولي SSR

Study of Genetic Diversity among Hull-Less and Hulled Rain-Fed Barley Genotypes Using SSR Marker

در اين آزمايش تنوع ژنتيكي 20 ژنوتيپ جو ديم با استفاده از 14 جفت نشانگر ريزماهواره مورد ارزيابي قرار گرفت. پس از استخراج DNA ژنومي و انجام واكنش زنجيره‌اي پلي‌مراز، آغازگرها در مجموع 266 باند چندشكل توليد نمودند كه متوسط تعداد باند چندشكل به ازاي هر آغازگر 19 بود. ميانگين PICبراي كل آغازگرها 6/0 به‌دست آمد و بيشترين ميزان اطلاعات چندشكلي (PIC) مربوط به آغازگرهاي Hvm60 و Hvm20 به‌ترتيب با مقادير 88/0 و 73/0 و كمترين مقدار آن مربوط به آغازگر Bmac0032 با مقدار 32/0 بود. با محاسبه ضريب تشابه جاكارد، ارزش‌هاي تشابه بين ژنوتيپ‌ها دامنه‌اي از 3/0 تا 96/0 را داشتند. بيشترين تشابه ژنتيكي مربوط به ژنوتيپ‌هاي شماره 6 (رقم زراعي ايذه) و شماره 5 (لاين اميد بخش) با 96/0 بود و كمترين تشابه مربوط به ژنوتيپ‌هاي شماره 13 (پوشينه‌دار و دو رديفه) و شماره 10 (پوشينه‌دار و شش رديفه) با 3/0 بود. در اين پژوهش دندروگرام حاصل از تجزيه خوشه‌اي به روش UPGMA و با استفاده از نرم‌افزار NTSYS رسم شد. با ترسيم خط برش در فاصله 75/0، ژنوتيپ‌هاي مورد مطالعه در 5 گروه اصلي قرار گرفتند. نتايج گروه‌بندي حاصل از تجزيه مختصات اصلي نسبتاً با گروه‌بندي تجزيه خوشه‌اي مطابقت داشت. تفكيك بر اساس داده‌هاي مولكوليSSR تا حدودي توانست ژنوتيپ‌هاي دو و شش رديفه و همچنين ژنوتيپ‌هاي پوشينه‌دار و بدون‌پوشينه را از هم تفكيك نمايد. همچنين وجود چند والد مشابه در شجره برخي ژنوتيپ‌ها (مثل 3 و 12 و يا 14 و 18) نيز در اين گروه‌بندي تاثير قابل توجهي داشت. در مجموع اين نتايج مطالعه بر روي جو ديم با آغازگرهاي SSR، نشان داد كه اين آغازگرها در گياه جو كارايي بالايي دارند و نشانگرهاي مورد استفاده توانستند تمامي ژنوتيپ‌ها را به‌خوبي از هم جدا كنند.

In order to study of genetic diversity of barley genotypes, 14 pair’s primers of SSR were used in 20 genotypes. After genomic DNA extraction and PCR reaction, Primers produce 266 polymorph bands and mean of polymorph band per primer was 19. The highest value of polymorphic information content (PIC) belonged to Hvm60 and Hvm20 primers (0.88 and 0.73, respectively) and the lowest value of PIC was belonged to Bmac0032 primer (0.32) and mean of PIC for all primers were 0.6. Jacard similarity coefficient was calculated and ranged from 0.3 to 0.96 among genotypes. The highest genetic similarity (0.96) belonged to genotypes no. 6 and 5 and the lowest (0.3) was belonged to genotypes no. 13 and 10. Clustering dendrogram based on UPGMA method classified genotypes to 5 main groups. Results of PCOA classification were similar to results of cluster analysis. Evaluation of genotypes by SSR molecular marker could discriminate two row and six row genotypes and also hulled and hulless genotypes. In other hand the similar parents in pedigree of some genotypes (e.g. between 3 and 12 and between 14 and 18) had an important effect on this classification. Results of this study revealed that this molecular marker has a valuable potential for evaluation and discrimination of barley genotypes.