بررسي نشانگر كلروپلاستي trnL-F در تعيين تمايز دو گونه صنوبر: سفيدپلت و سپيدار

The investigation of chloroplast marker trnL-F in determination of different between two species of Populus: P. caspica and P. alba

هدف اين تحقيق بررسي قدرت نشانگر كلروپلاستي trnL-F در تمايز ژنتيكي و ارتباط فيلوژنتيكي سپيدار (Populus alba) و سفيدپلت (Populus caspica) است. تعداد 15 نمونه برگي از هفت رويشگاه مختلف جنگلهاي هيركاني ايران، استانهاي گيلان و مازندران، جمع آوري شدند. DNAي ژنومي از برگها با استفاده از روش تركيبي CTAB و SDS- پتاسيم استات استخراج گرديد. واكنش PCR با استفاده از پرايمرهاي جهاني انجام شد و قطعات trnL-F تكثير شده توالي يابي گرديد. نتايج نشان دادند كه طول منطقه trnL-F تقريباً براي جمعيتهاي هر دو گونه در حدود 392-394 نوكليوتيد است. در مقايسه با تواليهاي موجود در بانك ژني، تعداد نوكليوتيدهاي آدنين و تيمين در سفيدپلت و سپيدار بيشتر از ديگر نوكليوتيدها است. تركيب نوكليوتيدي اين دو گونه بسيار مشابه با حداقل فاصله ژنتيكي از يكديگر (= 005/0) مي باشد. آناليز پارسيموني از 582 جايگاه نوكليوتيدي، 178 جايگاه محافظت شده، 197 جايگاه متغير، 151 جايگاه پارسيمون و 46 جايگاه انحصاري را نشان داد. رسم درخت فيلوژني براساس نشانگرtrnL-F نيز نشان داد كه توالي اين نشانگر نمي تواند تمايز بين پايه هاي دو گونه سپيدار و سفيدپلت ايجاد كند چرا كه نمونه هاي بررسي شده در يك گروه مشترك قرار گرفتند. از نتايج اين تحقيق مي توان استنتاج نمود كه نشانگر كلروپلاستي trnL-Fنتوانست دو گونه سپيدار و سفيدپلت را از يكديگر متمايز نمايد. بنابراين براي شناخت دقيق اين گونه ها، بازسازي فيلوژني با استفاده از ساير نشانگرهاي كلروپلاستي و يا هسته اي پيشنهاد مي گردد.

The purpose of this study is to evaluate of the choloroplast trnL-F marker’s power in genetic differentiation and phylogenetic relationships between Populus caspica and P. alba. The 15 leaves samples collected from seven different growthing areas of hyrcanian forests, Iran; Guilan and Mazandaran provinces. Genomic DNA extracted from leaves using the CTAB and SDS-potassium acetatate combined method. PCR performed by universal primers and amplified trnL-F fragments sequenced. Results showed that, the entire length of the trnL-F region was 392-394 nucleotides in both species. In compaire to available sequences of the GenBank, Adenin and Thimine nucleotides in P. caspica and P. alba are more than other nucleotides. These two species have shown high similarity in nucleotide composition of trnL-F spacer region with minimum genetic distance (=0.005). Parsimony analysis of 582 characters revealed 178 constant, 56 variable, 151 parsimony informative and 46 characters are unique positon. Too, bootstrap consensus trees showed that the trnL-F sequence data cannot distinguish P. caspica from P. alba because, investigated samples have located in common group. Therefore, for accurate recognition of this species, phylogenetic reconstruction using other choloroplastic and nuclear markers suggested.