بررسي تنوع ژنتيكي كاكوتي (Ziziphora tenuior L) با استفاده از نشانگر SCoT

Genetic diversity analysis of Ziziphora tenuior L. using SCoT markers

در این مطالعه از 25 آغازگر SCoT برای مطالعه تنوع ژنتیكی 42 نمونه كاكوتی از مناطق مختلف جغرافیایی ایران استفاده شد. در مجموع 209 قطعه تكثیر شد و 66% از آنها چندشكل بودند. بیشترین قطعات تكثیر شده چند‌شكل (10) مربوط به آغازگر SCoT-54 بود، و همچنین كمترین تعداد قطعات چندشكل (2) مربوط به آغازگر SCoT-20 بود. متوسط تعداد باند برای هر آغازگر 36/8 و متوسط باندهای چندشكل 53/5 بود. محتوای اطلاعات چندشكلی و قدرت تفكیك (PICD) بین 217/0 در آغازگر SCoT-31 و 07/0 در آغازگر SCoT-30 با میانگین 156/0 متغیر بود. ماتریس تشابه با استفاده از ضریب جاكارد، تجزیه خوشه‌ای با الگوریتم UPGMA و تجزیه به مختصات اصلی انجام شد. براساس تجزیه خوشه‌ای، در ضریب تشابه 7/0 نمونه‌های كاكوتی به 7 گروه تقسیم شدند. براساس ماتریس تشابه، كمترین شباهت (59/0) مربوط به ‎دو نمونه نائین و یاسوج، و همچنین بیشترین شباهت (98/0) بین دو نمونه از دامغان و گرمسار از یك منطقه جغرافیایی مشابه بود. نتایج حاصل از تجزیه واریانس مولكولی (AMOVA) حكایت از تنوع زیاد در داخل نمونه‌ها داشت. در واقع 89% از واریانس در داخل نمونه‌ها و 11% از واریانس در بین نمونه‌های كاكوتی بود. در نهایت نتایج نشان‌دهنده تنوع مناسب در بین ژنوتیپ‌های مورد مطالعه بود.

Twenty five SCoT primers were employed to investigate genetic diversity of 42 samples of Ziziphora tenuior from different geographical regions of Iran. A total of 209 fragments were amplified and 66% of them were polymorphic. Most amplified polymorphic fragments (10) were related to a primer named SCoT-54, while another primer named SCoT-20 showed the lowest (2) amplified polymorphic bands. Average number of amplified bands for primers was 8.36, while average number of polymorphic bands was 5.53. Polymorphic information content and discrimination power (PICD) varied between 0.217 in SCoT-31 and 0.074 in SCoT-30 with an average of 0.156. Similarity matrix was generated using Jaccard coefficient, Cluster analysis was carried out by UPGMA algorithm and principle coordinate analysis. According to the cluster analysis within the similarity coefficient of 0.7, Ziziphora samples were divided into 7 groups. Based upon similarity matrix, the lowest similarity (0.59) was found for two samples from Naein and Yasuj. The highest similarity (0.98) found between two samples from Damghan and Garmsar within the same geographical region. Analysis of molecular variance (AMOVA) suggested significant genetic differences within the samples. In fact, 89% of variation occurred within the species, whereas 11% of the variation was observed among the samples of Ziziphora tenuior. The results finally indicated moderate genetic diversity among the studied genotypes.