بررسي تنوع ژنتيكي ژرم‌پلاسم زيره [Bunium persicum (Boiss.) B. Fedtsch.] استان كرمان با استفاده از نشانگرهاي مولكولي RAPD

Investigation of genetic diversity in Persian Cumin [Bunium persicum (Boiss.) B. Fedtsch.] germplasm from Kerman province using RAPD molecular markers

Bunium persicum (Boiss.) B. Fedtsch. یك گیاه دارویی متعلق به خانواده Apiaceae (جعفری) است كه به نام زیره كوهی یا زیره پارسی معروف است. در این تحقیق، تنوع ژنتیكی ژرم پلاسم زیره استان كرمان با استفاده از نشانگر مولكولی RAPD مورد ارزیابی قرار گرفت. میوه‌های زیره پارسی از 43 رویشگاه مختلف در استان كرمان جمع‌آوری شد. استخراج DNA به روش CTAB تغییر یافته از میوه انجام شد. از 27 آغازگر تصادفی كه در واكنش PCR استفاده شد، تعداد 19 آغازگر كه نوارهای بهتری تولید كردند، جهت آنالیز انتخاب شدند. از این تعداد آغازگر، 446 قطعه چند شكل بدست آمد و امتیاز‌دهی شد. ماتریس صفر و یك حاصل توسط نرم‌افزار NTSYS-pc، با استفاده از ضریب تشابه دایس به ماتریس فاصله تبدیل شد و سپس با استفاده از الگوریتم میانگین فاصله (UPGMA) دندروگرام مربوطه رسم شد. بر این اساس 43 جمعیت مورد بررسی در 7 گروه جایابی شدند. كلاستر حاصله تا حدودی با تنوع جغرافیایی همخوانی داشت. نتایج تجزیه به مؤلفه‌های اصلی با نتایج تجزیه كلاستر تقریباً مشابه بود. نتایج این تحقیق نشان داد كه استفاده از تكنیك RAPD برای ارزیابی تنوع مولكولی بین این توده‌ها مناسب می‌باشد.

Persian Cumin, a medicinal and aromatic plant, belongs to Apiaceae family. The objective of this study was to assess the genetic variation in germplasm of Persian Cumin collected from Kerman province using RAPD molecular markers. The Persian Cumin fruits were collected from 43 various regions in Kerman province. DNA was extracted from fruits using modified CTAB method. From the 27 used primers in PCR, 19 primers with better bands were selected for analysis. The 446 polymorphic bands obtained by these primers were scored. The binary matrix was converted to distance matrix by applying Dice similarity coefficient in NTSYS-pc (Ver 2.02) software. Then, the distance matrix was analyzed using UPGMA and the phyllogenic dendrogram was plotted. Based on the results, investigated populations were clustered in 7 groups. The obtained clusters based on RAPD markers to some extent matched with the geographical origin of the studied populations of Persian Cumin. Furthermore, the obtained results of principal component analysis method were similar to the results of cluster analysis. The results indicated that RAPD technique is an efficient tool for assessing genetic diversity in these populations.