سنجش نسبت بيان HOXB13:IL17BR در بيماران مبتلا به سرطان پستان به روش qRT-PCR با استفاده از رنگ سايبرگرين

Evaluation of expression ratio of HOXB13:IL17BR in patients with breast cancer by qRT-PCR method using SYBR Green dye

زمينه و هدف: مطالعات نشان داده اند نسبت بيان HOXB13:IL17BR، شاخص پيشگويي پيامدهاي كلينيكي در بيماران مبتلا به سرطان پستان با تومورهاي استروژن رسپتور مثبت و عدم درگيري غدد لنفاوي تحت درمان با تاموكسيفن است. تمام اين آزمايشات با روش qReal Time RT-PCR با استفاده از پروب TaqMan انجام شدند. هدف پژوهش حاضر سنجش اين نسبت با روش qReal Time RT-PCR با استفاده از سايبرگرين بود. روش بررسي: در اين مطالعه ي مورد- شاهدي، نسبت بيان HOXB13:IL17BR در 40 نمونه ي توموري و غيرتوموري پارافينه شده سرطان پستان مورد بررسي قرار گرفت. پس از استخراج RNA از بافت ها و سنتز cDNA و تكثير توالي مورد نظر توسط واكنش زنجيره اي پليمراز و به دست آوردن دماي بهينه براي هر ژن، جهت سنجش بيان از روش qReal Time RT-PCR استفاده شد و رنگ سايبرگرين I به عنوان نشانگر مورد استفاده قرار گرفت. سطح بيان ژن هاي هدف با استفاده از ميانگين هندسي سطح بيان ژن هاي خانه داري توسط نرم افزار BestKeeper به دست آمد و نرمال سازي شد. مقايسه ميانگين بيان ژن بين نمونه هاي توموري و غيرتوموري با استفاده از آزمون t-test انجام شد و مقايسه رابطه بين گروه ريسك بالا/پايين و دارا بودن/نبودن علايم بيماري با استفاده از آزمون Fisher`s Exact test انجام شد. يافته ها: ميانگين نسبت بيان HOXB13:IL17BR در نمونه هاي توموري با نمونه هاي نرمال از نظر آماري تفاوت معني داري نشان نداد. نتايج مطالعه نشان داد كه بين قرار گرفتن يك فرد بيمار در 2 گروه ريسك بالا و پايين (بر اساس ميانگين نسبت بيان 2 ژن HOXB13:IL17BR)، با عود بيماري در آينده ارتباط مستقيم و معني داري وجود دارد. نتيجه گيري: نتايج در مطالعه حاضر نشان داد، علي رغم جايگزيني رنگ سايبرگرين با پروب، همچنان بين نسبت بيان HOXB13:IL17BR و زندگي با علائم بيماري رابطه معني داري وجود دارد

Background and aims: Studies have shown that a HOXB13:IL17BR expression ratio index predicts clinical outcome in ER-positive, lymph node-negative breast cancer patients that treated with adjuvant tamoxifen. All of these experiments were conducted with qReal Time RT-PCR using TaqMan probes. The aim of this study was to determine the ratio using SYBR Green I qReal Time RT-PCR. Methods: In this case- control study, expression levels of HOXB13:IL17BR was measured in 40 paired formalin-fixed, paraffin-embedded primary breast tumor specimens. After extracting RNA from the tissues, cDNA synthesis and amplification with the polymerase chain reaction to obtain the optimum annealing temperature, the expression levels was measured by SYBR Green I qReal Time RT-PCR. To determine and normalize the expression levels, BestKeeper software was used to obtain the BestKeeper Index using the geometric mean of expression levels of housekeeping genes. Comparison of mean expression of genes between tumoral and non-tumoral tissues was performed by t-test and association between patient grouping (high/low risk) and time for disease free survival was assessed by Fisher`s Exact test. Results: HOXB13:IL17BR expression value did not show significant difference between tumoral and non-tumoral tissues. The results showed that there was a direct and significant association between patient grouping (based on HOXB13:IL17BR ratio) and disease free survival status. Conclusion: Results in the current study showed that in spite of using SYBR Green dye (instead of TaqMan probes), there is still a significant correlation between HOXB13:IL17BR ratio and disease free survival status.